Tècnica d'elaboració més ràpida del mapa genètic

2001/06/11 Galarraga Aiestaran, Ana - Elhuyar Zientzia

• Genetika
• Softwarea

Per a la cerca de gens relacionats amb malalties, els investigadors utilitzen habitualment ratolins de laboratori, que proporcionen mesuraments més nítids que els humans. En créixer centenars o milers de ratolins busquen indicadors genètics relacionats amb característiques com l'obesitat o l'alt nivell de colesterol. Els models d'associació permeten identificar determinades parts del genoma del ratolí associades a la característica. La consecució d'aquest resultat, no obstant això, és un treball molt pesat i llarg que requereix d'anys per a conèixer la situació aproximada d'un gen.

Ara, Gary Peltz i el seu equip han presentat la manera d'accelerar el procés. Els investigadors van recollir en 15 varietats de ratolí una base de dades amb 3.000 indicadors genètics denominats polimorfismes mononucleòtids (SNP). Posteriorment es va inventar un algorisme per a localitzar les característiques. Per a això, els investigadors van buscar una característica concreta en cada varietat de ratolí (per exemple, el nivell de colesterol) i van veure com variava segons la varietat. Posteriorment, l'algorisme va analitzar els parells de varietats i buscava els mateixos models de SNP entre els fenotips similars. A major varietat de varietats analitzades, major predicció.

Per a provar l'eficàcia de l'algorisme es van introduir en el programa dades de 10 característiques conegudes, entre elles la densitat òssia i la tendència al consum d'alcohol. Posteriorment, es van comparar els espais proporcionats per l'ordinador amb el mapa obtingut amb el mètode tradicional i es va observar que coincidien en un 75%.

Aquest resultat encara no és tan satisfactori com s'esperava, per la qual cosa continuaran treballant en la seva millora. No obstant això, creuen que algun dia servirà per a localitzar ràpidament mutacions que expliquen les diferències entre els fenotips.