}

Informática ao servizo da xenética

2002/05/01 Andonegi Beristain, Garazi - Elhuyar Zientziaren Komunikazioa Iturria: Elhuyar aldizkaria

Sen dúbida, o tema dos últimos anos no mundo da ciencia é a xenética. O avance que supuxo o descubrimento do xenoma fixo extensible a influencia da xenética en todos os ámbitos. A investigación que o demostra é a que temos entre mans, a informática e a xenética.

Pedro Larrañaga e Iñaki Inza, da Facultade de Informática de San Sebastián, déronnos a coñecer una investigación en bioinformática. Actualmente os chips informáticos de xenes permiten obter o valor numérico de cada xene. Aplicando o chip indicado a un grupo de pacientes, a base de datos obtida pódese ver como un mapa de cores. Así, a intensidade e a cor de cada una das posicións deste mapa codifica a información dun xene dun paciente. A través destas bases de datos e da aplicación de técnicas estatísticas, preténdese detectar que xenes poden causar una enfermidade concreta.

Visión global

Mediante chips génicos pódese obter o valor numérico de cada xene dun paciente.

En contra do que se facía até agora, todos os xenes que se atopan nas bases de datos foron analizados conxuntamente. Até a data estudábanse todos os xenes que había na base de datos, pero sen ter en conta a perspectiva global, é dicir, sen ter en conta as interaccións entre os xenes. Agora, grazas aos avances da informática, é posible analizar un número de xenes na súa totalidade.

Pedro e Iñaki traballaron con bases de datos de entre 2.000 e 7.000 xenes dunhas 65 persoas. O estudo de todas as combinacións suporía un traballo enorme, polo que se utilizan métodos de simplificación, heurística. A aplicación da heurística non é só inevitable, xa que se comprobou que os resultados obtidos nos últimos anos a través da discriminación de xenes son mellores. Deste xeito, demostrouse que os modelos de probabilidade de predición dunha enfermidade presentan una taxa de invención máis elevada. A clave está na correcta formulación destes modelos heurísticos, xa que hai que prever cales dos miles de xenes deben ser descartados.

Casos prácticos

O traballo realizado centrouse en tres casos: a separación de dous tipos de leucemia, a detección de cancro de colon ou non e a clasificación de nove tipos de cancro. Paira analizar as tres bases de datos utilizáronse catro modelos heurísticos e os resultados obtidos coinciden cos doutras investigacións.

A principal conclusión é que as causas do cancro, a leucemia e calquera enfermidade en xeral son moi escasas: entre 2.000 e 7.000 xenes, por exemplo. Ademais, a taxa de invención dos modelos heurísticos obtidos oscila en torno ao 90%. Esta taxa de invención está validada, é dicir, a aplicación destes modelos heurísticos a calquera base de datos suporía aproximadamente dita taxa de invención.

Sempre hai que ter en conta que nas bases de datos aínda non está toda a información, xa que non hai valores numéricos de todos os xenes nin mostras de todos os pacientes. Estamos, por tanto, ante un método informático de longo desenvolvemento.

  • Título do proxecto: Aplicación dos
    procedementos de clasificación na declaración xenética.
  • Obxectivo:Aplicación de
    métodos computacionales en bioloxía molecular.
  • Director: Pedro
    Larrañaga.
  • Grupo de
    traballo: Iñaki Inza, Basilio Sierra, Rosa Branco.
  • Departamento: Ciencias
    da Computación e Intelixencia Artificial.
  • Facultade: Informática.
  • Financiamento
    Ministerio de Ciencia e Tecnoloxía, Goberno Vasco e UPV.

Gai honi buruzko eduki gehiago

Elhuyarrek garatutako teknologia