Examen génome mouche drosophile

2001/05/17 Roa Zubia, Guillermo - Elhuyar Zientzia

• Genetika

La société Celera Genomics, en plus du génome humain, a séquencé et publié l'année dernière le génome de la mouche Drosophila Melanogaster. Maintenant, un groupe de scientifiques de l'Université de Stanford en Californie a fait une analyse de la publication.

La revue Nature publie aujourd'hui les conclusions de l'étude. Cette brève communication commence par la réflexion suivante: "Bien qu'il existe de grands consensus dans de nombreuses séquences géniques, il existe de nombreuses divergences significatives".

À partir des données séquencées, ceux de Celera Genomics ont essayé de prédire les gènes codés. On annonçait que la mouche de drosophile avait 14.226 gènes, y compris 550 autres qui pourraient exister dans des combinaisons inconnues. Mais cette mouche a été largement utilisée dans les laboratoires, de sorte que les biochimiques du monde ont stocké les données collectées pendant des années dans une base de données. Cette base de données est appelée SwissProt. Les scientifiques de Stanford ont comparé ces deux sources de données. Il convient de noter que ces scientifiques sont des mathématiciens, experts en bases de données.

La comparaison a été faite avec un échantillon de 1.049 gènes pris de la base de données SwissProt. Seulement 26,2% des gènes comparés aux données de l'entreprise étaient identiques. 28,8% ont des données égales en longueur mais modifiées. Les autres gènes présentaient des différences significatives (plus de 1%) dans les séquences spécifiées dans les deux sources.

Dans la base de données SwissProt, un travail de longue date a été compilé, ce qui a souvent déjà été vérifié. Ce bref article de la revue Nature remet en question la fiabilité de la méthodologie développée par l'entreprise. Selon les auteurs, l'utilisation des données de génome de Drosophila limite considérablement la recherche de protéome et probablement cette conclusion servira également pour le cas du génome humain.