Le génome d'un champignon comestible apparaît pour la première fois
2006/12/01 Kortabitarte Egiguren, Irati - Elhuyar Zientzia Iturria: Elhuyar aldizkaria
Antonio Gerardo Pisabarro de Lucas, professeur de microbiologie à l'Université publique de Navarre, dirige un projet international de séquençage du génome de l'oreille travaillé. D'autres groupes de chercheurs participent à ce projet.
L'oreille travaillée, Pleurotus ostreatus, est le premier champignon comestible à être séquencé. Ce champignon est riche en vitamines et protéines. Il peut également être utilisé comme modèle de recherche du cycle de CO 2. Il est également très utilisé dans la biorémédiation --biodégradation des polluants -. Pour toutes ces raisons, l'institut américain de génomique (Joint Genome Institute, JGI) a choisi de séquencer le génome de ce champignon.
Il a de nombreuses autres propriétés. Ils disent que manger ce champignon réduit les niveaux de cholestérol et est également anticancéreux. Cependant, il n'a pas encore été déterminé quels sont les gènes responsables de ces propriétés bénéfiques pour la santé.
L'oreille élaborée est utilisée non seulement comme nourriture mais aussi pour la fabrication de pâte à papier, cosmétique et l'industrie pharmacologique, entre autres. En outre, ce champignon peut croître industriellement.
De nombreuses années de travail
Le groupe de génétique et de microbiologie de l'Université publique de Navarre étudie depuis 1994 le matériel génétique de l'oreille travaillé.
Pendant tout ce temps, les bases génétiques qui rendent le projet de séquençage viable ont été établies. Approximativement 350 mille paires de bases de génome d'oreille travaillé ont été séquestrés, 1% du génome total. Bien qu'il ressemble à un petit nombre, il est significatif de savoir combien de gènes il ya dans le génome et comment ils sont disposés.
Le génome d'oreille travaillé a 70 millions de paires de bases réparties en deux copies équivalentes. Ce champignon, comme l'homme, a une double copie de chaque chromosome. Cependant, pour séquencer tout le génome, 280 millions de paires de bases seront analysées, car chaque gène doit être lu plusieurs fois pour assurer de bons résultats. Il est similaire à un texte complexe, vous devez le lire encore et encore pour vous assurer qu'il n'y a pas d'erreurs.
Pour imaginer la mesure de tout cela, le professeur Pisabarro en donne un exemple. Supposons que chaque paire de bases est une lettre, 70 millions de lettres équivaudrait au texte de 11.500 pages. Si les pages étaient des folios normaux, si elles étaient placées en ligne, elles seraient plus de 3,5 kilomètres de longueur. Si ces lettres sont placées sur une seule ligne, elles atteindraient 141 kilomètres. Le génome du champignon a deux jeux, de sorte que chaque jeu aurait 6.000 pages. Au total, les experts estiment qu'il ya environ 12.000 gènes. C'est-à-dire deux gènes par page. Le travail principal consistera à déterminer où commence et finit chacun de ces gènes, ce qu'il fait et comment il le fait.
70 millions de paires de bases pour commander
Les laboratoires de l'Université Publique de Navarre isoleront l'ADN de l'oreille cultivée et l'enverront à l'institut génomique de séquençage. L'institut américain de génomique sera chargé de réaliser le séquençage et l'analyse informatique. En environ un an, JG aura effectué la première lecture de 70 millions de lettres du génome. Par la suite, le laboratoire de l'Université publique de Navarre sera chargé de commander les tronçons séquentiels et de coordonner les autres tâches du projet.
Toutes ces informations issues du séquençage seront distribuées entre tous les laboratoires de l'Université Publique de Navarre participants au projet, afin d'identifier chacun des gènes qui composent l'oreille élaborée, c'est-à-dire pour analyser la composition génétique de son organisme.
Pour terminer le projet, la lecture du génome sera terminée et les indications des gènes seront améliorées. Une fois le projet terminé, toutes ces informations seront mises à la disposition de la communauté scientifique.
Et toutes ces informations, pourquoi ? Peut-être plus d'une question. La Terre a vécu il y a environ 3 milliards d'années. L'ADN de ce champignon qui sera isolé, comme l'ADN de tout autre vivant, a évolué en 3 milliards d'années. Par conséquent, son génome a une histoire de 3 milliards d'années, et le but de la séquençage est précisément sa lecture.
En outre, la lecture de l'histoire du génome de l'oreille cultivé et sa comparaison avec l'histoire d'autres génomes séquencés ou séquencés - l'être humain, les animaux, les plantes et les microbioes- nous permettra d'obtenir une vision plus globale et enrichie de l'évolution de la vie sur Terre.
