O xenoma dun fungo comestible aparece por primeira vez
2006/12/01 Kortabitarte Egiguren, Irati - Elhuyar Zientzia Iturria: Elhuyar aldizkaria
Antonio Gerardo Pisabarro de Lucas, catedrático de Microbiología da Universidade Pública de Navarra, lidera un proxecto internacional de secuenciación do xenoma do oído traballado. Neste proxecto participan outros grupos de investigadores.
O oído traballado, Pleurotus ostreatus, é o primeiro fungo comestible que se secuenciará. Este fungo é rico en vitaminas e proteínas. Tamén se pode utilizar como modelo de investigación do ciclo de CO 2. Tamén é moi utilizada na biorremediación --biodegradación de contaminantes -. Por todas estas razóns, o instituto estadounidense de xenómica (Joint Genome Institute, JGI) optou por secuenciar o xenoma deste fungo.
Ten outras moitas propiedades. Din que comer este cogomelo reduce os niveis de colesterol e ademais é anticanceríxeno. Con todo, aínda non se determinou cales son os xenes responsables destas propiedades tan beneficiosas paira a saúde.
A orella elaborada utilízase non só como alimento senón tamén paira a fabricación de pasta de papel, cosmética e a industria farmacolóxica, entre outros. Ademais, este fungo pode crecer industrialmente.
Moitos anos de traballo
O grupo de Xenética e Microbiología da Universidade Pública de Navarra leva investigando desde 1994 o material xenético do oído traballado.
Durante todo este tempo establecéronse as bases xenéticas que fan viable o proxecto de secuenciación. Aproximadamente han secuenciado 350 mil pares de bases do xenoma do oído traballado, o 1% do xenoma total. Aínda que pareza un número pequeno, é significativo paira saber cantos xenes hai no xenoma e como están dispostos.
O xenoma do oído traballado ten 70 millóns de pares de bases repartidas en dúas copias equivalentes. Este fungo, do mesmo xeito que o home, ten una dobre copia de cada cromosoma. No entanto, paira secuenciar todo o xenoma, analizaranse 280 millóns de pares de bases, xa que cada xene debe lerse varias veces paira asegurar bos resultados. É similar a un texto complexo, hai que lelo unha e outra vez paira asegurarse de que non hai erros.
Paira imaxinar a medida de todo isto, o profesor Pisabarro pon un exemplo. Supoñamos que cada par de bases é una letra, 70 millóns de letras equivalería ao texto de 11.500 páxinas. Se as páxinas fosen folios normais, se se colocasen en liña serían máis de 3,5 quilómetros de lonxitude. Se estas letras colócanse nunha soa liña, cumprirían 141 quilómetros de distancia. O xenoma do fungo ten dous xogos, polo que cada xogo tería 6.000 páxinas. En total, os expertos estiman que hai ao redor de 12.000 xenes. É dicir, dous xenes por páxina. O traballo principal consistirá en determinar onde empeza e termina cada un deses xenes, que fai e como o fai.
70 millóns de pares de bases paira ordenar
Os laboratorios da Universidade Pública de Navarra illarán o ADN do oído cultivado e enviarano ao instituto xenómico de secuenciación. O instituto estadounidense de xenómica será o encargado de realizar a secuenciación e a análise informática. En aproximadamente un ano, JG terá realizada a primeira lectura de 70 millóns de letras do xenoma. Posteriormente, o laboratorio da Universidade Pública de Navarra será o encargado de ordenar os tramos secuenciados e coordinar o resto de tarefas do proxecto.
Toda esta información resultante da secuenciación distribuirase entre todos os laboratorios da Universidade Pública de Navarra participantes no proxecto, co fin de identificar cada un dos xenes que compoñen o oído elaborado, é dicir, paira analizar a composición xenética do seu organismo.
Paira finalizar o proxecto completarase a lectura do xenoma e perfeccionaranse as indicacións dos xenes. Una vez finalizado o proxecto, toda esta información porase a disposición da comunidade científica.
E toda esta información, paira que? Quizá máis dun pregunte. A Terra viviu fai uns 3.000 millóns de anos. O ADN deste fungo que se illará, do mesmo xeito que o ADN de calquera outro vivo, evolucionou en 3.000 millóns de anos. Por tanto, o seu xenoma ten una historia de 3.000 millóns de anos, e o obxectivo da secuenciación é precisamente a súa lectura.
Ademais, a lectura da historia do xenoma do oído cultivado e a súa comparación coa historia doutros xenomas xa secuenciados ou secuenciados -o ser humano, os animais, as plantas e os microbioes- permitiranos obter una visión máis global e enriquecida da evolución da vida na Terra.
