El genoma de un hongo comestible aparece por primera vez
2006/12/01 Kortabitarte Egiguren, Irati - Elhuyar Zientzia Iturria: Elhuyar aldizkaria
Antonio Gerardo Pisabarro de Lucas, catedrático de Microbiología de la Universidad Pública de Navarra, lidera un proyecto internacional de secuenciación del genoma del oído trabajado. En este proyecto participan otros grupos de investigadores.
El oído trabajado, Pleurotus ostreatus, es el primer hongo comestible que se secuenciará. Este hongo es rico en vitaminas y proteínas. También se puede utilizar como modelo de investigación del ciclo de CO 2. También es muy utilizada en la biorremediación --biodegradación de contaminantes -. Por todas estas razones, el instituto estadounidense de genómica (Joint Genome Institute, JGI) ha optado por secuenciar el genoma de este hongo.
Tiene otras muchas propiedades. Dicen que comer esta seta reduce los niveles de colesterol y además es anticancerígeno. Sin embargo, todavía no se ha determinado cuáles son los genes responsables de estas propiedades tan beneficiosas para la salud.
La oreja elaborada se utiliza no sólo como alimento sino también para la fabricación de pasta de papel, cosmética y la industria farmacológica, entre otros. Además, este hongo puede crecer industrialmente.
Muchos años de trabajo
El grupo de Genética y Microbiología de la Universidad Pública de Navarra lleva investigando desde 1994 el material genético del oído trabajado.
Durante todo este tiempo se han establecido las bases genéticas que hacen viable el proyecto de secuenciación. Aproximadamente han secuenciado 350 mil pares de bases del genoma del oído trabajado, el 1% del genoma total. Aunque parezca un número pequeño, es significativo para saber cuántos genes hay en el genoma y cómo están dispuestos.
El genoma del oído trabajado tiene 70 millones de pares de bases repartidas en dos copias equivalentes. Este hongo, al igual que el hombre, tiene una doble copia de cada cromosoma. No obstante, para secuenciar todo el genoma, se analizarán 280 millones de pares de bases, ya que cada gen debe leerse varias veces para asegurar buenos resultados. Es similar a un texto complejo, hay que leerlo una y otra vez para asegurarse de que no hay errores.
Para imaginar la medida de todo esto, el profesor Pisabarro pone un ejemplo. Supongamos que cada par de bases es una letra, 70 millones de letras equivaldría al texto de 11.500 páginas. Si las páginas fueran folios normales, si se colocaran en línea serían más de 3,5 kilómetros de longitud. Si estas letras se colocan en una sola línea, cumplirían 141 kilómetros de distancia. El genoma del hongo tiene dos juegos, por lo que cada juego tendría 6.000 páginas. En total, los expertos estiman que hay alrededor de 12.000 genes. Es decir, dos genes por página. El trabajo principal consistirá en determinar dónde empieza y termina cada uno de esos genes, qué hace y cómo lo hace.
70 millones de pares de bases para ordenar
Los laboratorios de la Universidad Pública de Navarra aislarán el ADN del oído cultivado y lo enviarán al instituto genómico de secuenciación. El instituto estadounidense de genómica será el encargado de realizar la secuenciación y el análisis informático. En aproximadamente un año, JG tendrá realizada la primera lectura de 70 millones de letras del genoma. Posteriormente, el laboratorio de la Universidad Pública de Navarra será el encargado de ordenar los tramos secuenciados y coordinar el resto de tareas del proyecto.
Toda esta información resultante de la secuenciación se distribuirá entre todos los laboratorios de la Universidad Pública de Navarra participantes en el proyecto, con el fin de identificar cada uno de los genes que componen el oído elaborado, es decir, para analizar la composición genética de su organismo.
Para finalizar el proyecto se completará la lectura del genoma y se perfeccionarán las indicaciones de los genes. Una vez finalizado el proyecto, toda esta información se pondrá a disposición de la comunidad científica.
Y toda esta información, ¿para qué? Quizá más de uno pregunte. La Tierra vivió hace unos 3.000 millones de años. El ADN de este hongo que se aislará, al igual que el ADN de cualquier otro vivo, ha evolucionado en 3.000 millones de años. Por lo tanto, su genoma tiene una historia de 3.000 millones de años, y el objetivo de la secuenciación es precisamente su lectura.
Además, la lectura de la historia del genoma del oído cultivado y su comparación con la historia de otros genomas ya secuenciados o secuenciados -el ser humano, los animales, las plantas y los microbioes- nos permitirá obtener una visión más global y enriquecida de la evolución de la vida en la Tierra.
