El genoma d'un fong comestible apareix per primera vegada
2006/12/01 Kortabitarte Egiguren, Irati - Elhuyar Zientzia Iturria: Elhuyar aldizkaria
Antonio Gerardo Pisabarro de Lucas, catedràtic de Microbiologia de la Universitat Pública de Navarra, lidera un projecte internacional de seqüenciació del genoma de l'oïda treballada. En aquest projecte participen altres grups d'investigadors.
L'oïda treballada, Pleurotus ostreatus, és el primer fong comestible que se seqüenciarà. Aquest fong és ric en vitamines i proteïnes. També es pot utilitzar com a model de recerca del cicle de CO 2. També és molt utilitzada en la biorremediación --biodegradació de contaminants -. Per totes aquestes raons, l'institut estatunidenc de genòmica (Joint Genome Institute, JGI) ha optat per seqüenciar el genoma d'aquest fong.
Té moltes altres propietats. Diuen que menjar aquest bolet redueix els nivells de colesterol i a més és anticancerígeno. No obstant això, encara no s'ha determinat quins són els gens responsables d'aquestes propietats tan beneficioses per a la salut.
L'orella elaborada s'utilitza no sols com a aliment sinó també per a la fabricació de pasta de paper, cosmètica i la indústria farmacològica, entre altres. A més, aquest fong pot créixer industrialment.
Molts anys de treball
El grup de Genètica i Microbiologia de la Universitat Pública de Navarra porta investigant des de 1994 el material genètic de l'oïda treballada.
Durant tot aquest temps s'han establert les bases genètiques que fan viable el projecte de seqüenciació. Aproximadament han seqüenciat 350 mil parells de bases del genoma de l'oïda treballada, l'1% del genoma total. Encara que sembli un número petit, és significatiu per a saber quants gens hi ha en el genoma i com estan disposats.
El genoma de l'oïda treballada té 70 milions de parells de bases repartides en dues còpies equivalents. Aquest fong, igual que l'home, té una doble còpia de cada cromosoma. No obstant això, per a seqüenciar tot el genoma, s'analitzaran 280 milions de parells de bases, ja que cada gen ha de llegir-se diverses vegades per a assegurar bons resultats. És similar a un text complex, cal llegir-lo una vegada i una altra per a assegurar-se que no hi ha errors.
Per a imaginar la mesura de tot això, el professor Pisabarro posa un exemple. Suposem que cada parell de bases és una lletra, 70 milions de lletres equivaldria al text de 11.500 pàgines. Si les pàgines anessin folis normals, si es col·loquessin en línia serien més de 3,5 quilòmetres de longitud. Si aquestes lletres es col·loquen en una sola línia, complirien 141 quilòmetres de distància. El genoma del fong té dos jocs, per la qual cosa cada joc tindria 6.000 pàgines. En total, els experts estimen que hi ha al voltant de 12.000 gens. És a dir, dos gens per pàgina. El treball principal consistirà a determinar on comença i acaba cadascun d'aquests gens, què fa i com ho fa.
70 milions de parells de bases per a ordenar
Els laboratoris de la Universitat Pública de Navarra aïllaran l'ADN de l'oïda conreada i l'enviaran a l'institut genómico de seqüenciació. L'institut estatunidenc de genòmica serà l'encarregat de realitzar la seqüenciació i l'anàlisi informàtica. En aproximadament un any, JG tindrà realitzada la primera lectura de 70 milions de lletres del genoma. Posteriorment, el laboratori de la Universitat Pública de Navarra serà l'encarregat d'ordenar els trams seqüenciats i coordinar la resta de tasques del projecte.
Tota aquesta informació resultant de la seqüenciació es distribuirà entre tots els laboratoris de la Universitat Pública de Navarresa participants en el projecte, amb la finalitat d'identificar cadascun dels gens que componen l'oïda elaborada, és a dir, per a analitzar la composició genètica del seu organisme.
Per a finalitzar el projecte es completarà la lectura del genoma i es perfeccionaran les indicacions dels gens. Una vegada finalitzat el projecte, tota aquesta informació es posarà a la disposició de la comunitat científica.
I tota aquesta informació, per a què? Potser més d'un pregunta. La Terra va viure fa uns 3.000 milions d'anys. L'ADN d'aquest fong que s'aïllarà, igual que l'ADN de qualsevol altre viu, ha evolucionat en 3.000 milions d'anys. Per tant, el seu genoma té una història de 3.000 milions d'anys, i l'objectiu de la seqüenciació és precisament la seva lectura.
A més, la lectura de la història del genoma de l'oïda conreada i la seva comparació amb la història d'altres genomes ja seqüenciats o seqüenciats -l'ésser humà, els animals, les plantes i els microbioes- ens permetrà obtenir una visió més global i enriquida de l'evolució de la vida en la Terra.
