Onddo jangarri baten genoma lehenengo aldiz agerian
2006/12/01 Kortabitarte Egiguren, Irati - Elhuyar Zientzia Iturria: Elhuyar aldizkaria
Antonio Gerardo Pisabarro de Lucas Nafarroako Unibertsitate Publikoko katedraduna da Mikrobiologian, eta belarri landuaren genomaren sekuentziazioa egiteko nazioarteko proiektu baten buru da. Proiektu horretan, beste hainbat ikertzaile-taldek ere badihardute.
Belarri landua, Pleurotus ostreatus , sekuentziatuko den lehenengo onddo jangarria da. Onddo horrek bitamina eta proteina ugari ditu. Horrez gain, CO 2 -aren zikloa ikertzeko eredu gisa erabil daiteke. Halaber, asko erabiltzen da bioerremediazioan --poluitzaileen biodegradazioa--. Arrazoi horiengatik guztiengatik, hain zuzen ere, aukeratu du onddo horren genomaren sekuentziazioa egitea genomika-institutu estatubatuarrak ( Joint Genome Institute , JGI).
Beste hamaika propietate ere baditu belarri landuak. Diotenez, perretxiko hori jateak kolesterol-maila jaisten du, eta, gainera, minbiziaren kontrakoa da. Dena den, oraindik zehaztu gabe dago zer genek eragiten dituzten osasunerako hain onuragarriak diren propietate horiek.
Elikagai gisa ez ezik, paper-orea egiteko, kosmetikarako eta farmakoen industriarako ere erabiltzen da belarri landua, besteak beste. Gainera, onddo hori industrialki haz daiteke.
Urte askoko lana
Nafarroako Unibertsitate Publikoko Genetika eta Mikrobiologia taldeak 1994tik dihardu belarri landuaren material genetikoa ikertzen.
Denbora horretan guztian, sekuentziazioaren proiektua bideragarri egiten duten oinarri genetikoak ezarri dituzte. Gutxi gorabehera belarri landuaren genomaren 350 mila base-pare sekuentziatu dituzte; genoma osoaren % 1. Zenbaki txikia dirudien arren, esanguratsua da genoman zenbat gene dauden eta nola antolatuta dauden jakiteko.
Belarri landuaren genomak 70 milioi base-pare ditu, bi kopia baliokidetan banatuta. Izan ere, onddo horrek, gizakiak bezala, kromosoma bakoitzaren kopia bikoitza du. Dena den, genoma osoa sekuentziatzeko, 280 milioi base-pare aztertuko dituzte, hainbat aldiz irakurri behar baita gene bakoitza, emaitza onak ziurtatzeko. Testu konplexu baten antzekoa da; behin eta berriz irakurri behar da akatsik ez dagoela ziurtatzeko.
Horren guztiaren neurria zein den imajinatzeko, adibide bat jartzen du Pisabarro irakasleak. Jo dezagun base-pare bakoitza letra bat dela; 70 milioi letra 11.500 orrialdeko testuaren baliokidea litzateke. Orrialdeak folio arruntak balira, lerroan jarriz gero 3,5 kilometro luze baino gehiago lirateke. Letra horiek lerro bakarrean jarriz gero, berriz, 141 kilometroko distantzia beteko lukete. Onddoaren genomak bi joko ditu; hortaz, 6.000 orrialde izango lituzke joko bakoitzak. Adituek orotara, 12.000 gene inguru daudela kalkulatzen dute. Alegia, bi gene orrialde bakoitzeko. Lan nagusia izango da zehaztea gene horietako bakoitza non hasten den eta non bukatzen den, zer egiten duen eta nola egiten duen.
70 milioi base-pare ordenatzeko
Nafarroako Unibertsitate Publikoko laborategietan belarri landuaren DNA isolatuko dute, eta sekuentziatzeko genomika-institutura bidaliko dute. Genomika-institutu estatubatuarra arduratuko da sekuentziazio-lana eta analisi informatikoa egiteaz. Gutxi gorabehera urtebeteren buruan, genomaren 70 milioi letren lehenengo irakurketa egina izango du JGIk. Gero, Nafarroako Unibertsitate Publikoko laborategia arduratuko da sekuentziatutako zati horiek ordenatzeaz eta proiektuaren gainerako lanak koordinatzeaz.
Sekuentziazioaren ondorioz lortuko den informazio hori guztia proiektuan parte hartzen duten Nafarroako Unibertsitate Publikoko laborategi guztien artean banatuko da, belarri landua osatzen duen gene bakoitza identifikatzeko, alegia, haren organismoaren osaera genetikoa aztertzeko.
Proiektua amaitzeko, genomaren irakurketa osatuko da, eta geneen oharrak perfekzionatuko dira. Proiektua bukatutzat emandakoan, informazio hori guztia zientzia-komunitatearen eskura jarriko da.
Eta, informazio hori guztia, zertarako? Galdetuko du, beharbada, batek baino gehiagok. Lurrean duela 3.000 milioi urte inguru agertu zen bizia. Isolatuko den onddo horren DNAk, beste edozein bizidunen DNAk bezalaxe, 3.000 milioi urteko eboluzioa izan du. Beraz, haren genoman 3.000 milioi urteko historia dago, eta sekuentziazioaren helburua da, hain zuzen ere, historia hori irakurtzea.
Gainera, belarri landuaren genomaren historia irakurriz gero, eta dagoeneko sekuentziatu diren edo sekuentziatzen ari diren beste hainbat genomaren historiarekin alderatuz gero --gizakia, animaliak, landareak eta mikrobioak--, Lurreko biziaren eboluzioari buruzko ikuspegi orokorragoa eta aberastuagoa lortuko dugu, besteak beste.
