Technique de traitement plus rapide de la carte génétique

2001/06/11 Galarraga Aiestaran, Ana - Elhuyar Zientzia

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Pour la recherche de gènes liés aux maladies, les chercheurs utilisent habituellement des souris de laboratoire, qui fournissent des mesures plus précises que les humains. En grandissant des centaines ou des milliers de souris cherchent des indicateurs génétiques liés à des caractéristiques telles que l'obésité ou le niveau élevé de cholestérol. Les modèles d'association permettent d'identifier certaines parties du génome de la souris associées à la caractéristique. La réalisation de ce résultat, cependant, est un travail très lourd et long qui nécessite des années pour connaître la situation approximative d'un gène.

Maintenant, Gary Peltz et son équipe ont présenté un moyen d'accélérer le processus. Les chercheurs ont recueilli dans 15 variétés de souris une base de données avec 3.000 indicateurs génétiques appelés polymorphismes mononucléotides (SNP). Un algorithme a ensuite été inventé pour localiser les caractéristiques. Pour ce faire, les chercheurs ont cherché une caractéristique particulière dans chaque variété de souris (par exemple, le niveau de cholestérol) et ont vu comment il variait selon la variété. Par la suite, l'algorithme a analysé les paires de variétés et a recherché les mêmes modèles de SNP parmi les phénotypes semblables. Plus de variétés analysées, plus de prédiction.

Des données de 10 caractéristiques connues, dont la densité osseuse et la tendance à la consommation d'alcool, ont été introduites pour tester l'efficacité de l'algorithme. Par la suite, les espaces fournis par l'ordinateur ont été comparés à la carte obtenue avec la méthode traditionnelle et ont été observés coïncidant de 75%.

Ce résultat n'est pas encore aussi satisfaisant que prévu, donc vous continuerez à travailler sur son amélioration. Cependant, ils croient qu'un jour, il servira à localiser rapidement des mutations qui expliquent les différences entre les phénotypes.