Informatika genetikaren zerbitzura

Ezbairik gabe, azken urteetan zientziaren munduan punta-puntan dagoen gaia genetika da. Genomaren aurkikuntzak suposatu duen aurrerakadak genetikaren eragina arlo guztietara zabalarazi du. Hori frogatzen duen ikerketa da eskuartean duguna, informatika eta genetika uztartzen dituena, hain zuzen.

Donostiako Informatika Fakultateko Pedro Larrañagak eta Iñaki Inzak bioinformatikaren arloan egin duten ikerketa baten berri eman digute. Gaur egun gene-txip informatikoen bidez gene bakoitzaren zenbakizko balioa lor daiteke. Gaixo-talde bati esandako txipa aplikatuz gero, lortutako datu-basea koloretako mapa bat bezala ikus daiteke. Horrela, mapa horretako posizio bakoitzeko intentsitateak eta koloreak, gaixo baten gene bateko informazioa kodetzen du. Datu-base horiek erabiliz eta teknika estatistikoak aplikatuz, gaixotasun konkretu bat zein genek eragin dezaketen aurkitzea dute helburu.

Ikuspegi globala

Gene-txipen bidez gaixo baten gene bakoitzaren zenbakizko balioa lor daiteke.

Orain arte egiten zenaren aurka, datu-baseetan dauden gene guztiak batera aztertu dituzte. Gaurdaino, datu-basean zeuden gene guztiak aztertzen ziren, baina ikuspegi globala kontuan izan gabe, hau da, geneen arteko elkarreraginak kontuan hartu gabe. Orain, informatikaren aurrerapenei esker, posible da gene-kopuru bat bere osotasunean aztertzea.

Pedrok eta Iñakik 65 bat pertsonaren 2.000-7.000 geneko datu-baseekin lan egin dute. Konbinazio guztiak aztertzea lan izugarria izango zenez, sinplifikazio-metodoak erabiltzen dira, heuristika. Heuristika aplikatzea ez da ezinaren baitakoa soilik; izan ere, azken urteetan geneen diskriminazioaren bidez lortzen diren emaitzak hobeak direla ikusi da. Hala, gaixotasun bat aurreikusteko egiten diren probabilitate-ereduek asmatze-tasa altuagoa dutela frogatu da. Eredu heuristiko horiek zuzen planteatzean dago gakoa, milaka genetatik zein baztertu behar diren aurreikusi behar baita.

Kasu praktikoak

Egindako lana hiru kasutara zuzendu dute: bi leuzemia-mota bereiztera, koloneko minbizia izan edo ez izan ikustera eta, hirugarrena, bederatzi minbizi-mota sailkatzera. Hiru datu-baseak aztertzeko lau eredu heuristiko erabili dituzte eta lortutako emaitzak bat datoz beste hainbat ikerketaren datuekin.

Ondorio nagusia da minbiziaren, leuzemiaren eta orokorrean edozein gaixotasunen eragileak oso gene gutxi direla: 2.000 edo 7.000 genetatik 2-5era bitartean, adibidez. Gainera, lortzen diren eredu heuristikoen asmatze-tasa % 90 inguruan ibiltzen da. Asmatze-tasa hori baliozkotuta dago; hau da, edozein datu-baseri eredu heuristiko horiek aplikatuz gero, gutxi gorabehera asmatze-tasa hori lortuko litzateke.

Betiere kontuan izan behar da datu-baseetan ez dagoela oraindik orain informazio guztia, ez baitaude gene guztien balio numerikoak, ezta gaixo guztien laginak ere. Beraz, garapen luzea izango duen metodo informatiko baten aurrean gaude.

• Proiektuaren izenburua:
  Sailkapen-prozeduren aplikazioa adierazpen genetikoan.
• Helburua:
  Metodo konputazionalen aplikazioa biologia molekularrean.
• Zuzendaria:
  Pedro Larrañaga.
• Lan-taldea:
  Iñaki Inza, Basilio Sierra, Rosa Blanco.
• Departamentua:
  Konputazio-zientziak eta adimen artifiziala.
• Fakultatea:
  Informatika.
• Finantzazioa
  Zientzia eta Teknologia Ministerioa, Eusko Jaurlaritza eta EHU.