GnomAD proiektuak pazienteen genomak interpretatzen lagunduko du

2020/05/27 Agirre Ruiz de Arkaute, Aitziber - Elhuyar Zientzia Iturria: Elhuyar aldizkaria

Arg. Christoph Bock/Wikimedia

Gero eta ohikoagoa da pazienteen genomak sekuentziatzea, baina, gero, zaila da datuak interpretatu eta azaltzen diren mutazioek zer kalte eragin dezakeen jakitea. Hemendik aurrera, ordea, baliabide garrantzitsu bat izango dute adituek, gnomAD proiektuaren emaitzak argitaratu baitituzte Nature taldeko hainbat aldizkarik. Giza aldaera genetikoen katalogo publikorik handiena da: 140.000 pertsonaren datuak jasotzen ditu.

Gure genoman azaltzen den edozein mutaziok fisiologikoki zer ondorio eragin dezakeen aurreikustea da katalogoaren helburu nagusia. Besteak beste, gaixotasun arraroen ikerketarako erreferentziazko datu-basea izan daiteke, aurrerantzean. Gaixotasun arraroez harago joan dira, ordea: datu-baseko genomak eta giza mutazio-tasen eredu matematikoak alderatuta, ikertzaileek kalkulatu dute zenbaterainoko aukera duen gene bakoitzak gaixotasun larriak eragiteko, mutazioak pairatuz gero. Esaterako, identifikatu dute zer geneek duten aukera gehien desgaitasun intelektuala bezalako gaixotasun larriak sortzeko.

Bestetik, geneak bere funtzioa guztiz galtzea eragiten duten mutazioak ere deskribatu dituzte. Haien harridurarako, ikusi dute aldaera estruktural askok ez dutela eragiten espero zuten kaltea. Eta ikusi dute gene batzuk bikoizketarekiko bereziki sentikorrak direla; alegia, genea bikoiztuta izateak genea faltan izateak bezainbesteko kaltea eragiten duela.

Diagnostikorako erreminta publikoa sortzeaz gain, botikak garatzen ere lagundu dezake datu-baseak. Izan ere, batzuetan, gene batek ez badu kalterik eragiten inaktibatuta dagoenean, baina bai mutazioa azaltzen denean. Halakoetan, genea botika batez inhibitzea irtenbide egokia izan daitekeela adierazi dute. Bide berri hori urratzeko aukera nabarmendu dute.

Era guztietara, azpimarratu dute mutazio batek zer eragingo duen aurreikusi ahal izateko gakoa dela aldaera horiek zer testuinguru zelularrean sortzen diren —alegia, zer ehunetan—, desberdintasun handiak ikusi baitituzte batetik bestera.

Exomaz harago

100 ikertzaile baino gehiagok hartu du parte gnomAD proiektuan, MIT eta Harvard and Massachusetts General Hospital ikerketa-zentroen gidaritzapean. Zortzi urteko lanaren emaitza da. Datu-basearen tamaina eta aniztasuna azpimarratu dute egileek: asiar jatorriko 25.000 pertsonen datuak ditu, latindar jatorriko 18.000 pertsonenak eta afrikar edo afro-amerikar jatorriko 12.000 pertsonenak.

GnomAD proiektuak bazuen aurreko bertsio bat, ExAC proiektua, baina hark exomen datuak besterik ez zituen jasotzen. GnomAD proiektua, ordea, geneak kodetzen dituzten guneez gain, eremu ez-kodetzaileen sekuentziak ere jasotzen saiatu da. Izan ere, exoma edo gune kodetzaileak gure genomaren % 1,5 besterik ez dira.

Egileek onartu dute oraindik oso urruti gaudela gizakietan funtzio-galera dakarkiten aldaera genetiko guztiak identifikatzetik. Baina, haien ustez, oinarri genetikoa duten gaixotasunen ebaluazioa hobetzeko aukera emango du. Hemendik aurrera, datu-basea handitzeaz gain, datu genetikoak informazio klinikoarekin lotzea dute helburu.

Gai honi buruzko eduki gehiago

Elhuyarrek garatutako teknologia